疾控中心实验室排水来源复杂，污水中含有病毒、细菌、化学药剂、有机物等污染物，直接排放对城市环境和市民健康存在潜在隐患，应经污水处理站处理后，方可接入市政污水管网。污水处理工艺为：化粪池→格栅→调节池→MBR膜生物反应池→氯消毒→排放。污水处理站工艺流程如下图：污水处理采用(MBR)膜生物反应器，将传统的活性污泥法与高效膜分离技术相结合，它用具有独特结构的浸没式膜组件置于曝气池中，经过好氧曝气和生物处理后的水通过MBR膜组件，由泵通过滤膜过滤后抽出，MBR膜将反应池中的大部分病菌、病毒及有机物等截留下来达到去除效果。
由于污水存在病毒、细菌，污水处理的核心是消毒，设计采用两级强化消毒，首先污水在预消毒池进行预消毒，经过处理后的出水再进行二次消毒，前端预消毒杀死水中大部分致病细菌、病毒，末端消毒进一步强化消毒效果。
污水处理站的化粪池和处理构筑物的污泥，由具有相应资质的单位或部门定期掏取，所有污泥必须经过有效的消毒处理，按医疗废物处理要求进行集中(焚烧)处置。
污水处理站所有设备均加益密封,废气处理采用过滤吸附器对空气传播类病毒进行有效的灭活。
