洁净室工程如果按照洁净等级进行分类，可以分为十级、百级、千级、百万级、千万级等级别，等级越小，其装修的难度越大。不同等级之间的区别在于空气中灰尘颗粒直径及其数量，浮游菌和沉降菌的数量。洁净室工程如果按照气流流型进行分类，则可以分为单向流、非单向流、混合流和矢流四种类型，具有分类描述如下。
单向流洁净室工程按气流方向可分为垂直单向和水平单向。它们都是基于活塞和挤压原理，将灰尘从一端挤到另一端，用洁净的气流代替污染的气流。垂直单向流是空气以一定的速度（0.25m/s～0.5m/s）从天花板流向地板的一种流型，该气流可以创建百级到十级洁净室。水平单向流是指气流以一定的速度（0.3m/s～0.5m/s）从洁净室一面墙壁流向对面墙壁的流动形态，它可以创建百级洁净室。非单向流洁净室工程有顶送下回，顶送下侧回和顶送顶向等不同类型，其运用的原理是稀释，通过变换换气次数，可实现不同的净化级别。
混合流和矢流洁净室工程相对比较复杂，比较适合于空间结构比较复杂的洁净车间。混合流是指将垂直单向和非单向流两种气流相结合的一种气流流行，它可以将尽可能地压缩单向流面积，用非单向流节省洁净室装修的成本。矢流是以放射型流线流出，流线之间没有竖向交叉，比较适用于送风量少，但是级别要求较高的洁净室工程，例如医药生物洁净室。
